生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。
 

凈工作臺只能保護在工作臺內操作的試劑等不受污染，并不保護工作人員，而生物安全柜是負壓系統，能有效保護工作人員。
 

根據生物安全防護水平的差異，生物安全柜可分為、二級和三級三種類型。

生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。其氣流原理和實驗室通風櫥基本相同，不同之處在于排氣口安裝有HEPA 過濾器，將外排氣流過濾進而防止微生物氣溶膠擴散造成污染。生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能保護柜內產品，目前已較少使用。
 

二級生物安全柜是目前應用為廣泛的柜型。按照《中華人民共和國醫藥行業標準YY0569-2005生物安全柜》中的規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4 個：A1 型，A2 型，B1 型和B2 型。所有的二級生物安全柜都可工作人員、環境和產品的保護。
 

二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏出實驗室。其前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.5m/s(100fpm)。
 

三級生物安全柜是為生物安全防護等級為4級實驗室而設計的，柜體氣密，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱(Golve box)，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗，如進行SARS、埃博拉病毒相關實驗等。