二級生物安全柜同一級生物安全柜一樣，氣體也是從外部流入二級生物安全柜，通常稱為進流。進流能夠防止微生物操作時產生的氣溶膠從安全柜前面操作窗口逃逸到實驗室內。然而，它們不同于一級生物安全柜之處為，只讓經HEPA過濾的（無菌的）空氣流過工作臺面。內置風機將空氣經前面的開口引入安全柜內并進入前面的進風格柵。因此沒有經過過濾器過濾的空氣不會直接進入工作區，從而保護安全柜內部存放的樣品和儀器不被外界空氣所污染。