生物安全柜在使用過程中不可避免地會出現各種污染，這時就需要我們對它進行清潔，那么怎么做才算是有效的清潔呢？
1、首先，對一、二類生物安全柜的污染進行清理時，應使用能獨立產生、循環和中和甲醛氣體的設備。將適量的多聚甲醛（空氣中終濃度達到0.8%）置于電加熱板（控制在安全柜外）上方的長柄鍋中。
2、然后將比多聚甲醛多10%的碳酸氫銨放入另一個長柄鍋中（控制在安全柜外）。將鍋放在柜外的第二個加熱板上，將電加熱板連接到安全柜外的插頭上，通電。如有必要，可將電源插頭切換到柜外，以控制面板的運行。
如果相對濕度低于70%，應在安全柜內放置一個裝有熱水的開口容器，然后用強力膠帶[如管帶]密封前封閉板。如果前面沒有封閉板，用大塑料布蓋住前面的開口和排氣口，以確保氣體不會泄漏到房間里。同時，電源線穿過前蓋板的通孔必須用膠帶密封。
用聚甲醛板插入加熱板并打開電源。待多聚甲醛*揮發后，拔下插頭，切斷電源，讓生物安全柜靜置至少6小時。然后將第二個鍋插入加熱板，通電蒸發碳酸氫銨。然后拔掉電源插頭，打開安全柜兩次，每次啟動約2秒，讓碳酸氫銨氣體循環。在取下前封閉板（或塑料片）和排氣面罩之前，讓安全柜靜置30分鐘。使用前擦去安全柜表面的殘留物。